Музей является структурным подразделением Института археологии и этнографии СО РАН, создан по инициативе и под руководством первого директора академика А.П. Окладникова в1968 году в качестве одного из подразделений института. Формирование коллекций и создание экспозиций строилось практически одновременно, поскольку была развернута активная экспедиционная деятельность на огромной территории от Урала до Дальнего Востока.

Необходимо отметить, что с первых дней существования института реализовывался комплексный подход в исследовании, изучалась не отдельная культура, а весь спектр культур Сибири и Дальнего Востока от древних эпох до этнографической современности. Поэтому одновременно формировалась археологическая и этнографическая коллекции. Это дало возможность созданию первой экспозиции, которая освещала итоги полевых исследований. Первым директором музея был будущий академик и нынешний директор института А.П. Деревянко. Сменил его этнограф В.А.Тимохин, благодаря его деятельности собран уникальный материал по материальной и духовной культуре народов Приамурья и Приморья – нанайцам и ульчам. Институт в то время не имел собственного здания, экспозиция располагалась в пяти комнатах в здании Президиума и находилась на четвертом этаже. Примечательно, что экскурсии вели сами научные сотрудники, поэтому посетители получали информацию непосредственно от исследователей.

В марте 1969 г. Институт получил собственное здание, экспозиция музея стала занимать восемь залов, весь третий этаж. В путеводителе обозначена следующая структура экспозиции: палеолит Сибири, неолит Западной Сибири и Прибайкалья, неолит Дальнего Востока, эпоха бронзы и раннего железа на Алтае, где были представлены широчайший спектр культур эпохи раннего и развитого металла и этнографической коллекции, характеризующие материальную культуру населения Алтая. Таким образом, был реализован принцип преемственности культур. Следующий зал был посвящен кочевникам Забайкалья и включал в себя материалы от эпохи бронзы – культура плиточных могил до эпохи поздних кочевников – татаро-монгол. В зале «железный век и тунгусские государства Дальнего Востока» были представлены древние культуры данного региона от эпохи начала железного века до образования первых государств Мохе, Бохай, Чжурчженей. Следующий зал был посвящен истории освоения русским населением территории Сибири, были представлены материалы исследования Илимского острога, этнографические коллекции старожильческого населения Алтая — «поляков», и жителей Прибайкалья «семейских». И в последнем зале демонстрировались этнографические коллекции коренных народов Сибири и Дальнего Востока. Таким образом, эта экспозиция была сформирована по территориальному признаку. В это время музеем руководил к.и.н А.К. Конопацкий.

С 1997 музей переехал в новое здание, к сожалению, его экспозиционные площади уменьшились, экспозиция располагалась в 4-х залах, была сформирована по хронологическому принципу и содержала самые яркие находки, было организовано открытое хранение этнографического собрания. Основное внимание уделялось демонстрации сенсационных находок – материалам пазырыкских курганов плато Укок. Руководителем музея с 1995 года был к.и.н. А..П. Бородовский. В это же время музей оформился как структурное подразделение – сектор Института и стал работать на основании положения.

В настоящее время Музей находится по адресу: улица Золотодолинская, 4.